Criada em 1996 e participando de sua primeira competição em 1997, a equipe de baja da UFSC foi fundada sob orientação do professor Honorato Antônio Tomelin com o nome de Equipe Floripa. O professor Tomelin orientou o projeto até o ano de 2000, tendo a equipe construído nesse período os protótipos Papa Terra (1997), Berbigão (1998) e Baiacu (1999), os últimos dois nomes referindo-se a espécies da fauna marinha de Florianópolis. 

Em 2000, a equipe passa a ser orientada pelo professor Narciso Angel Ramos Arroyo e tem seu nome mudado para Vento Sul. É fundada no mesmo ano uma equipe de baja independente chamada Uiraçu, orientada pelo professor Lauro Cesar Nicolazzi. Em 2002, é criada a Equipe Ilhéu, orientada pelo professor Amir Antonio Martins de Oliveira Junior. Só em 2003 as duas equipes, Ilhéu e Uiraçu, se uniram formando a atual Equipe UFSC Baja SAE e sob orientação do professor Nicolazzi.

O projeto da equipe se desenvolveu, acompanhando o crescimento do próprio movimento Baja no Brasil. De 2000 a 2013 a equipe competiu com dois veículos com projetos distintos entre si, chamados inicialmente de Ilhéu e Uiraçu e posteriormente de Puma e Jaguar. Em 2003 iniciou-se a competição Baja SAE Brasil – Etapa Sul, em Gravataí, conhecida simplesmente como Baja Sul. Nos anos de 2005, 2006, 2007, 2009, 2010, 2011 e 2012, a Equipe UFSC Baja SAE conquistou o primeiro lugar na competição regional Sul, bem como esteve em terceiro lugar na competição nacional em 2005, 2009 e 2013 pela qual nos últimos dois anos garantiu a participação da equipe na competição internacional nos Estados Unidos obtendo as colocações de 8º e 20º entre aproximadamente 100 equipes do mundo todo.

A equipe também se classificou em 4º lugar na competição nacional em 2006 e 2018, além de ter obtido o pódio várias vezes de provas dinâmicas como suspensão, tração e aceleração. No projeto, estudantes aplicam os conhecimentos obtidos dentro e fora de sala de aula e desenvolvem o veículo para as competições em âmbitos regional, nacional e mundial. 

Com mais de vinte anos de história, o projeto se tornou referência para outras equipes de competição devido aos ótimos resultados obtidos em competições. A equipe visa capacitar seus membros e tornar-se um meio para que os estudantes possam aplicar os conhecimentos obtidos na graduação. Ao desenvolver projetos, possibilita aos participantes a inserção em um ambiente de trabalho em equipe com responsabilidades. Além de desenvolvimento técnico, que engloba as áreas de engenharia, computação e design, além de áreas de gestão de pessoas e marketing, preparando os estudantes para a vida profissional.